1996 yılında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden mezun oldu. Doğal Hayatı Koruma Derneği (DHKD) üyesi olarak geçirdiği üniversite yıllarında Ege Kuş Gözlem Topluluğu'nu kurdu. Bu süreçte Gediz Deltası'nda ayrıntılı bir kuş araştırması yürüttü.
Tıp doktoru olmasına rağmen yaşamını doğaya vakfetmeye karar verdi ve ekoloji alanında Ortadoğu Teknik Üniversitesi'nde başladığı doktorasına Wageningen Üniversitesi'inde (Hollanda) devam etti. Aynı yıllarda Dünya Kuşları Koruma Kurumu'nda (BirdLife International) Küresel Ekolojik Ağlar Koordinatörü olarak görev yaptı. Eken'in doktora çalışması kapsamında geliştirdiği "Önemli Doğa Alanları" yaklaşımı kısa sürede dünyada geniş kabul gördü ve korunması gereken doğal alanların belirlenmesinde bilimsel bir standart haline geldi. Eken, Doğa Derneği'ndeki ekip arkadaşlarıyla birlikte Önemli Doğa Alanı yaklaşımının dünyada ilk defa Türkiye'de uygulanmasını sağladı. Güven Eken, 2001'den bu yana Türkiye'nin en saygın dergilerinden Atlas'ın Doğa Editörüğü'nü yürütüyor ve 2010'dan bu yana Radikal gazetesinde köşe yazarlığı yapıyor.
Doğa Derneği'ne pek çok ünlünün ve fikir önderinin destek vermesinde önemli katkıları olan Eken, son yıllarda Hasankeyf başta olmak üzere baraj karşıtı kampanyalardaki aktivist duruşu ile dikkat çekti. Güven Eken, doğa konusunda yaptığı çalışmalar nedeniyle Mayıs 2011'de CNN Türk tarafından Türkiye'nin "Fark Yaratanlar"ından biri seçildi. Doğayla ilgili iki kitabı ve 200'ü aşkın yazılı yayını bulunan Eken, halen Doğa Derneği Yönetim Kurulu Başkanlığı görevini yürütüyor. Türkçe, İngilizce ve Almanca bilen Eken şu anda doğa hakkı ve doğanın kodları adlı iki teorik çalışmanın hazırlıklarını sürdürüyor.
